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神戸みなと温泉 蓮では、「健康」を意識し、お客様に安全かつ安心して健康づくりに取り組んでいただけるよう、「温泉」「医療・福祉」「運動」「応急」などの専門資格を取得したスタッフが常駐し、病気になりにくい身体づくりや心のケアなどを積極的に実施しています。
2016年6月、健康増進のための温泉利用及び運動を安全かつ適切に実施できる施設として、厚生労働大臣より京阪神で初めて「温泉利用型健康増進施設」の認定を受けました。
2024年11月には、健康増進のための運動を安全かつ適切に実施できる施設として、同じく厚生労働大臣より「運動型健康増進施設」の認定を受けました。
双方で認定を受けているのは西日本初、全国でも2例目です。
また、理化学研究所が推進する「健康“生き活き”羅針盤リサーチコンプレックス」への参画や、経済産業省の健康寿命延伸産業創出事業として認証基準の策定が行われ、日本規格協会などが設立した「ヘルスツーリズム認証委員会」が2018年4月から始めた認証制度「ヘルスツーリズム認証」を取得したり、ランニングプログラムが内閣官房創設の「beyond2020マイベストプログラム」に選出されたりするなど、温泉を通じて、健康増進を後押しする取り組みも強化しています。